Первоначально монастырь был Благовещенской церковью, а уже потом его история напрямую связана с городом Муромом. В конце XI – начале XII вв. город находился во владениях князей Черниговских. А в 1097 году его отдали сыну Черниговского князя Святослава – Ярославу. В управлении городом Ярославу помогали его сыновья Федор и Михаил. Муромские язычники не захотели принимать князя и жестоко убили Михаила (младшего сына Ярослава). После преступники раскаялись в своем преступлении, под влиянием знамения от иконы Божией Матери, которую привез князь.

В последствии икона получила имя Муромской. Дворец князей установили в Городище. Неподалеку возвели храм во имя Благовещения Богородицы. Тело убитого Михаила было захоронено возле храма. Со временем вся семья князя ушла в землю подле стен этого храма. В виду местного почитания, в 1547 году, совершилась общецерковная канонизация князя Константина и его детей Михаила и Федора. На месте храма Благовещенского был возведен мужской монастырь, обет на который был дан Иоанном IV. В 1552 году царь посещает город Муром, по дороге в Казань, он молился новоиспеченным чудотворцам о победе, и пообещал открыть монастырь, если выйдет победителем из этой битвы в Казани. На месте деревянного храма, под стенами которого были похоронены сыновья князя Федор и Михаил, возвели новый каменный храм, а останки с молебным пением были выставлены в новом построенном храме. Изначально новый монастырь получал наивысшие почести. Как было записано в грамоте царя Ивана Грозного 1558 года храм получил «жалованье денежную и хлебную ругу из Муромских таможенных доходов». Для братии монастыря царь выслал всю нужную утварь и «неоскудную милостыню» из царского капитала, земли, которые впоследствии расширились к XVII веке. Монастырь получил сильные повреждения после нападения польско-литовского отряда А. Лисовского в 1616 году.